El Colegio se originó en el barrio el Paraíso de Bogotá, en la sede del actual Seminario Calasanz. Con el fin de atender con educación a un número mayor de niños y niñas, la obra fue trasladada al barrio Rincón de Suba, donde, bajo la rectoría del P. Celestino Pulido, se funda en 1986 el Colegio Cooperativo San José de Calasanz.

En el año de 1997, la institución se convierte en una institución de carácter privado “Colegio San José de Calasanz” en convenio con la Secretaría de Educación para garantizar la prestación del servicio educativo a los más necesitados. En el año 2002, la comunidad de los Padres Escolapios nombra rectora del colegio a la Psicopedagoga Gladis Cuéllar Ibáñez (hasta el año 2017). Ante la insuficiencia de los recursos ofrecidos por la Secretaría para el servicio educativo prestado, con una respuesta positiva de los padres de familia en la permanencia de muchos de los estudiantes beneficiarios del convenio, pagando pensión y otros gracias a los subsidios y al apoyo económico prestado por la Orden Religiosa de las Escuelas Pías o Padres Escolapios.

En mayo de 2017 asume la rectoría hasta la actualidad, la Sra. Claudia Patricia Castro, Licenciada en Física, con una Maestría en Educación y una trayectoria de más de 11 años en el colegio.

A la fecha el colegio cuenta con nivel A+ (colegios más destacados por su alto nivel de desempeño) en las Pruebas Saber 11, lo cual refleja su excelencia académica. La formación dada también se manifiesta en la promoción de estudiantes que en su cotidianidad presentan un espíritu de servicio y trabajo comunitario, notándose el aumento significativo de estudiantes que ingresan a la educación universitaria.